A ambos lados del arco del altar se encuentran dos iconostasios con las imágenes del Cristo (a la derecha) y la de la Virgen María (a la izquierda). Las figuras son altas y esbeltas, como dos pilares de la fe, y sostienen toda la estructura de la rejilla protectora del altar. En esa baja barrera se apoyan dos columnas que sostienen un arquitrabe, en el cual se encuentran unos medallones redondos con las imágenes de los apóstoles. En el centro está el medallón con una cruz, a la izquierda están los de San Pedro, San Andrés Protócletos, San Bartolomé y SantoTomás, a la derecha se encuentran los de San Pablo, San Juan el Teólogo, Santiago y San Felipe.
Las puertas reales, que parecen un encaje, son bajas y elegantes y están hechas de un metal dorado. Las puertas diaconales también son originales y se encuentran a ambos lados del altar. Estas combinan un metal negro y dorado. La estructura transparente de la barrera del altar, las puertas reales y las puertas diaconales simbolizan que la luz de la Transfiguración, la luz del Reino de los Cielos, a través del oficio litúrgico llega a nuestro mundo.
En los pilares orientales que sostienen los arcos de la parte central de la iglesia, se encuentran dos íconos: a la derecha, él de San Juan el Precursor, y, a la izquierda, él de San Nicolás el Milagroso. Estos íconos visualmente se relacionan con los del altar. San Juan el Precursor y Bautista se presenta como un profeta vestido con piel de oveja y un manto verde, descalzo como un habitante del desierto. En su mano izquierda sostiene un pergamino con las palabras de su predicación en el Jordán: "¡Arrepiéntanse, porque el Reino de los Cielos está cerca!". San Nicolás el Milagroso está representado con vestiduras episcopales y un Evangelio en la mano. La elección de estos santos no es casual: el profeta y bautista San Juan predijo la llegada del Cristo, "preparó su camino", y San Nicolás, al igual que todo el clero contemporáneo, continuaron el oficio de Cristo en la tierra.
A la derecha del altar, en un nicho lateral, se encuentra el Crucifijo. Puede parecer inusual en el espacio de una iglesia ortodoxa, ya que en él el Cristo no aparece desnudo, como es tradicional, sino vestido. Sin embargo, no hay nada que contradiga a la tradición en esta imagen, tampoco es anticanóniga. Por el contrario, esta es la imagen más antigua del Crucifijo: exactamente así, con una colobium (una túnica sin mangas), representaban al Cristo crucificado en el arte cristiano primitivo, como se puede ver, por ejemplo, en los frescos romanos de los siglos VI-VIII. El propio rostro del Salvador está pintado de manera muy austera, con los ojos cerrados, con las manos atravesadas que se extienden a los lados de la cruz, como si estuviera recibiendo a todos los que acuden a Él. Esta imagen inspira la oración y la concentración interna. Tradicionalmente, frente al Crucifijo se ora por los difuntos y se encienden las velas por el descanso de sus almas.
A la entrada de la iglesia, hay dos íconos más: las imágenes de los apóstoles San Pedro y San Pablo. Ellos reciben a todo el que entra y parecen guiarlo por el espacio de la iglesia. San Pedro y San Pablo en la tradición ortodoxa se consideran los apóstoles más relevantes, porque fueron los primeros predicadores del cristianismo: San Pedro entre los judíos, San Pablo entre los pueblos paganos. Estos íconos fueron pintados por el padre Zenón al estilo del arte cristiano primitivo, orientado hacia los íconos del Sinaí que se consideran los más antiguos, de ahí el fondo paisajístico y la representación tridimensional de los rostros. Esta estilística nos acerca a los tiempos en que el cristianismo apenas estaba naciendo.
Según la tradición ortodoxa, en el medio de la iglesia, en un atril, se coloca el ícono de la fiesta patronal o la del Santo Patrón que se celebra ese día. Pero también puede ser cualquier ícono de la Virgen María que se venera ese día según el calendario ortodoxo. Para esto en la sacristía de la iglesia se guardan los íconos especiales, muchos de los cuales fueron pintados por el padre Zenón o sus discípulos. Entre estos íconos está la imagen de la Transfiguración del Señor: el ícono patronal de la iglesia. En esta imagen el archimandrita Zenón pudo expresar su interpretación iconográfica personal de esta fiesta basada en los canones tradicionales. Aunque el ícono está pintado en varios colores, el blanco predomina: es el color de las vestiduras del Cristo (tal y como lo describe el Evangelio) y también los profetas, Elías y Moisés, y los apóstoles San Pedro, San Juan y Santiago están de blanco. Esta interpretación transmite la idea de los Santos Padres sobre la luz inaccesible del Monte Tabor, que en el momento de la Transfiguración los envolvió a todos.
Tanto los candelabros de piedra y los atriles forjados como otros utencillos fueron diseñados por el archimandrita Zenón. Todos los elementos del diseño del interior están en plena armonía: siendo modernos al mismo tiempo tienen una fuerte conección con la tradición. Pero, sin lugar a dudas, la decoración más importante de la iglesia son los íconos y las pinturas del altar: sus colores vibrantes sobre los fondos dorados, sus rostros expresivos y figuras esbeltas, todo esto en combinación con las paredes blancas causa una impresión refinada y solemne. Sin embargo, las pinturas y los íconos no solo adornan la iglesia, sino que también sirven de referencias teológicas y litúrgicas. Desde la antigüedad, tanto en Bizancio como en la Antigua Rusia, la ornamentación de la iglesia combinaba el auténtico arte con teología. En este sentido, el archimandrita Zenón ha heredado esta antigua tradición y ha sabido plasmarla en sus imágenes muy modernas. Las imgenes en sus íconos se caracterizan por detalles retratísticos, lo que lo une con la antigua tradición bizantina, que a su vez fue heredada de la cultura antigua. Al mismo tiempo, estas imágenes son absolutamente icónicas, es decir, están pintadas a la luz de la transfiguración, transmiten esa luz interna a través de los fondos dorados que simbolizan la luz del Reino de los Cielos. Estas imágenes combinan la alta espiritualidad, el refinado aristocratismo y la perfección artística. No sería una exagerción decir que la Iglesia de la Transfiguración del Señor es uno de los mejores ejemplos del arte ortodoxo contemporáneo.