С двух сторон алтарную арку фланкируют два киота с ростовыми образами Христа (справа) и Богородицы (слева). Фигуры крупные стройные, словно два столпа веры, держат всю конструкцию алтарной преграды. На низкую алтарную преграду опираются две колонны, поддерживающие архитрав, на котором расположены круглые медальоны с образами апостолов. В центре — медальон с крестом, слева от него — Петр, Андрей Первозванный, Варфоломей, Фома, справа — Павел, Иоанн Богослов, Иаков, Филипп.
Царские врата — невысокие, изящные, кружевные — выполнены из позолоченного металла. Оригинальны и диаконские двери — боковые в алтарь. они сделаны из черного и позолоченного металла. Прозрачная конструкция алтарной преграды, царских и диаконских врат символизирует, что свет Преображения, свет Царства Небесного, через богослужение приходит и в наш мир.
На восточных столбах, поддерживающих арки центральной части, расположены две иконы: справа — св. Иоанн Предтеча, слева — свт. Николай Мирликийский. Эти иконы зрительно продолжают ряд икон алтарной преграды. Св. Иоанн Предтеча и Креститель представлен как пророк в милоти из овечьих шкур и зеленом плаще, босым, как житель пустыни. В левой руке он держит свиток со словами своей проповеди на Иордане: «Покайтесь, приблизилось Царство Небесное». Святитель Николай Мирликийский представлен в архиерейском облачении с Евангелием в руке. Выбор этих святых не случаен: пророк и креститель Иоанн предварял приход Святителя, «приготовил Ему путь», а святитель Николай, как и все современное духовенство, продолжают служение Христа на земле.
Справа от алтарной части, в боковой нише, поставлено Распятие. Оно может показаться необычным в пространстве православного храма, потому что на нем Христос представлен не обнаженным, как традиционно изображают, а в одеянии. Однако ничего не традиционного, а тем более неканоничного, в этом образе нет. Напротив, это наиболее древний образ Распятия, именно так — в колобии (туника без рукавов) изображали распятого Христа в раннехристинском искусстве, что можно видеть, например, в римских фресках VI—VIII вв.еков. При этом сам образ Спасителя написан очень строго, Его лик с закрытыми глазами спокоен, пронзенные руки раскинуты по сторонам креста, словно принимая всех к Нему приходящих. Этот образ настраивает на молитву, на внутреннюю собранность. Перед Распятием традиционно молятся об усопших и ставят свечи за упокой.
При входе в храм, расположены еще две иконы — это образы апостолов Петра и Павла. Они встречают входящего и словно вводят его в пространство храма. Петр и Павел в православной традиции называются первоверховными апостолами, потому что именно они были первыми проповедниками христианства: Петр среди иудеев, Павел среди язычников. Эти иконы написаны отцом Зиноном в стиле раннехриститанской, почти античной, живописи, в них видна ориентация на древние синайские иконы, считающиеся самыми ранними, отсюда и пейзажный фон, и трехмерная трактовка ликов. Такая стилистика приближает нас к тем временам, когда христианство только зарождалось.
Как принято в православной традиции посреди храма на аналое лежит икона, обычно это икона дня: праздника или святого, память которого совершается в этот день. Но может быть тот или иной образ Богородицы, чествуемый в этот день, согласно православному календарю. Для этого в ризнице храма хранятся специальные иконы, многие из которых написаны отцом Зиноном или его учениками. Среди этих икон есть и образ Преображения Господня — икона храмового праздника. В этой иконе соединена традиционная иконография этого праздника и авторская иконописная интерпретация архимандрита Зинона. Колорит иконы выдержан в нескольких цветах, и преобладающий цвет — белый. В белые одежды здесь облачен не только Христос (как описывает Евангелие), но и пророки Илия и Моисей, и апостолы — Петр, Иоанн и Иаков. Такая интерпретация передает известную мысль святых отцов, размышлявших о Фаворском нетварном свете, что в момент Преображения все были объяты этим светом.
Каменные и кованые подсвечники, кованые аналои и всю остальную утварь разработал также архимандрит Зинон, и все элементы интерьера составляют органическое единство. Все они современны по своему дизайну, но при этом в них ощущается связь с традицией.
Но, безусловно, самое главное украшение храма — иконы и алтарная роспись. Сочный цвет, золотые фоны, выразительные лики, стройные фигуры — все это в сочетании с белыми стенами создает изысканное и нарядное впечатление. Однако росписи и иконы не просто украшают храм, но расставляют богословские и литургические акценты. Издавна и в Византии, и в Древней Руси убранство храма совмещало в себе высокое искусство и глубокое богословие. В этом смысле архимандрит Зинон — наследник древней традиции, и при этом его образы очень современны. Лики на иконах отличаются яркими портретными характеристиками, как это было в ранней Византии, которая наследовала античную культуру. И в то же время эти образы абсолютно иконичны, то есть, они написаны в свете преображения, в них сияет внутренний свет и играет золото фона, символизирующее свет Царства Небесного. В этих образах соединяются высокая духовность, утонченный аристократизм и художественное совершенство. Без преувеличения можно сказать, что храм Преображения Господня является одним из лучших образцов современного православного искусства.